La data precisa della sua fondazione si ignora; tuttavia al 1319 risale una annotazione del Chronicon Vulturnense riguardante la sospensione del clero locale da parte dell'abate Nicola da Frattura a causa dell'ospitalità da questi offerta ad un
gruppo di eretici viandanti.
     L'intitolazione dell'edificio a s. Leonardo di Limoges probabilmente è posteriore alla sua edificazione ed avvenne in epoca basso medioevale quando un gruppo di pellegrini locali si recarono presso Santiago de Campostela percorrendo l'itinerario penitenziale che dall'Italia attraversava la Francia, valicava
i Pirenei e giungeva fino al grande santuario spagnolo.
     Durante il percorso i viandanti partiti da Colli e dalla intera valle del Volturno trovarono rifugio a Noblat in un grande monastero di cui fu abate s. Leonardo, in quella occasione si verificò il contatto con la congregazione del santo e di ritorno a Colli avvenne l'introduzione del culto del santo che fu eletto patrono del paese.

     Questa vicenda è attestata da una scultura in pietra riportata sulla facciata della chiesa e raffigurante la conchiglia del pellegrino ossia il souvenir che abitualmente veniva riportato dal viaggio penitenziale a Santiago.

     Alla chiesa venne annesso un "hospitale" per l'accoglienza ai viandanti ed intorno ad essa si costituì congrega di laici che si preoccupavano della lavorazione dei terreni appartenenti al demanio del "pius locus".
     La fiorente attività agricola della congrega, incentivata dalla possibilità di commercio all'esterno dell'edificio lungo la strada praticata da passanti di ogni tipo, rese particolarmente floride le finanze della comunità che più volte arricchì il luogo di culto con decorazioni pittoriche e scultoree.